Nach der überraschenden Entscheidung Otto Schilys, die Stasi-Unterlagen-Behörde zum 1. Januar 2005 der Kulturstaatsministerin zu übertragen, war die Empörung bei DDR-Bürgerrechtlern, die das Mielcke-Erbe 1990 vor weiterer Spurenbeseitigung schützten, groß. Die Bundesbeauftragte Marianne Birthler nahm Anstoß am selbstherrlichen Stil des Ministers, konnte der Ankündigung aber auch Positives abgewinnen. Gleichwohl ist auch nach ihrer Auffassung zunächst eine Änderung des Stasi-Unterlagen-Gesetzes für die Übertragung der BStU nötig.
Gleichzeitig begann eine Debatte über die zukünftige archivische Zuständigkeit für die Stasiunterlagen. Zwar gibt es Stimmen, die besagen, dass eine Übertragung der Stasiunterlagen in die Obhut des Bundesarchivs aus archivfachlicher Perspektive so begründet wäre, wie die Einlagerung von Akten aus Frankfurt/Main im Stadtarchiv von Frankfurt/Oder, doch mehrt sich auch die Riege der Befürworter einer solchen langfristigen Perspektive, da im Jahr 2006 mit den Überprüfungen für den öffentlichen Dienst eine zentrale Aufgabe der BStU wegfallen wird.
In seinem Kommentar für die FAZ postuliert auch Rainer Blasius, dass das Mielcke-Erbe als staatliche Überlieferung früher oder später in die Obhut des Bundesarchivs resp. Unterlagen der Bezirksverwaltungen in die der Landesarchive gehöre – auch wenn die Akten großenteils rechtsstaatswidrig zustande gekommen sind. „Für die nächsten sechs Jahre ist anzunehmen“, so Blasius, „daß die Behörde ihre gegenwärtige Struktur behalten wird, zumal mit einer zweiten und letzten Amtszeit von Frau Birthler zu rechnen ist. Um für die Zeit danach gerüstet zu sein, sollte sich die Behörde allerdings 2010 von ihren Unterlagen trennen, zumal die Nutzungsbedingungen nach Bundes- und Landesarchivgesetzen schon jetzt forschungsfreundlicher sind.“
Quelle: Rainer Blasius, Frankfurter Allgemeine Zeitung, 27.12.2004, Nr. 302 / S. 1